中国主要硅藻土矿集中形成于中新世至更新世，其中以中新世为主导。云南寻甸县和吉林长白县大型硅藻土矿皆属中新世矿床。矿床分布受新生代断陷盆地控制。
中国硅藻土矿床皆为陆相湖泊沉积，尚未发现海相沉积矿床。 成矿条件首先是沉积盆地。新生代以来中国东部断裂及升降运动发育，形成一系列断陷盆地，为大型湖盆提供了先决条件，湖泊为硅藻的生存及遗骸堆积准备了良好的场所。
成矿条件之二是古地理环境。气候温暖湿润，雨水较充沛，能使湖盆常保持着一定的水量。但水深度不很大，一般不超过35m。这可从硅藻土中常含有石英、长石、云母及碳质碎屑，也与黄铁矿、磷矿结核等伴生，并含丰富的动植物化石等特征得到证明。该环境下硅藻可得到必须的营养物质和日光。
成矿条件之三是物质来源。硅藻的生长、繁殖需要水中有溶融的SiO2，而且有长期稳定的来源。中国东部地区新生代广泛发育基性岩，硅藻土矿多形成于喷发间歇期，火山活动为可溶性SiO2提供了丰富的物质来源。西部地区例如云南省的硅藻土矿则与火山活动无关，而是风化分解某些湖盆外围岩石而提供可溶性硅质。
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