硅藻土矿经常与粘土矿共生，粘土可以单独成层，也可与硅藻土相杂，形成粘土质硅藻土或硅藻质粘土。一般说粘土是有害组分，但在某些用途中则是有益组分。硅藻土矿与褐煤、泥炭层共生以云南先锋矿区最为典型。
硅藻土矿成矿时代一般较新，埋藏多数不深，因此主要是露天开采，仅部分矿床采取地下开采。有的从水下挖出，以矿泥形式泵取。
中国硅藻土的供需情况，从供应量看，供大于求，尚有部分出口，但从品种上看，尚不能满足国内市场日益增长的需要，尤其是助滤剂国内已有0.5万t/a生产线10余条，产量供大于求，但质量较差，仍需从国外进口。
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