硅藻土是一种具有生物结构的岩石。主要由80~90%，有的达90%以上的硅藻壳组成。
海水、湖水中的氧化硅的主要消耗者就是硅藻，构成硅藻软泥。在成岩过程中经石化阶段形成硅藻土。
硅藻壳由蛋白石组成，硅藻在生长繁衍过程中，吸取水中胶态二氧化硅，并逐步转变为蛋白石。在地质历史中硅藻种类达一万余种，现存的有五千余种。
硅藻颗粒大小为0.001~0.5mm，分离的硅藻单体呈白色，性脆，在偏光显微镜下为无包透明的蛋白石组成。岩石薄片中硅藻形态有正方形、长方形、圆形、三角形，从分离出的单体硅藻形态有圆柱形、直链形、桶状、圆球形、圆盘形、棒形。
硅藻壳面上的孔洞呈有规则的排列，如：具缘圆筛藻直径约0.14mm，壳面网孔成正六边形，中心孔径5微米，边缘2微米。颗粒直链藻链长0.26mm具16个藻胞，藻胞似园柱形，直径12微米，长15微米，胞壁厚0.5微米，并易脱落成单体。
硅藻土中硅藻含量越多，杂质越少，则颜色越白，质越轻。比重一般在0.4-0.9，由于硅藻体具有众多的壳体孔洞，使硅藻土具多孔质构造，硅藻土的孔隙度达90-92%，吸水性强烈，粘舌，由于硅藻颗粒细小，使硅藻土细腻、滑润。硅藻土在酸中(HCl、H2S04、HN03)不溶解，但溶于HF和K0H。
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