为了研究硅藻土中的硅藻成分及种属，通过分离方法获得硅藻单体与其它共生矿物，按照不同的矿物组合，采取相应的方法。硅藻的分离方法程序具连续性。
〈1〉静水沉降
不同粒度、比重矿物在静水中沉降速度是不一致的，沉降的物质具成层分布特点。首先，在岩石薄片中检查硅藻颗粒大小，并破碎到相应的粒度。
〈2〉酸溶
要去掉硅藻土中的其它杂质，采取不同的酸溶方法，以提高硅藻的含量，硅藻土中一般不同程度的含有铁质、钙质，采用H2S04去铁，HCl去钙的方法，酸的浓度视矿物颗粒大小而定。
〈3〉焙烧
使炭质〈有机质〉燃烧灰化，在有炭质参与下使三价铁还原成二价铁。据滇西含炭质硅藻土试验，熔烧温度一般控制在600-900℃以保证硅藻不受破坏。
〈4〉磁迭、电磁迭
除去硅藻土中磁性、电磁性矿物
〈5〉超声波清洗分离
将硅藻土通过上述步骤后，置于酒精溶液中在超声波仪上清洗分离，以排除附着于硅藻表面的粘土、污染物，提高硅藻的孔隙率。
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