应用硅藻土水处理剂处理污水，它需建立专门的污水处理装置(工程)和工作流程，通过硅藻土水处理剂和污水的相互作用，达到清除污染物的要求。污水处理的工程设计，根据现场的实际情况而定，或者可用移动式的专门设施。若采用絮凝沉淀法，使用本硅藻土水处理剂的一般工作流程，按顺序分成6个部分：投药→缓冲(减速)→沉淀(粗粒沉淀与细粒沉淀)→过滤→排放。
投药：硅藻土水处理剂通常用清水稀释10～20倍，稀释后的溶液装入按有流量计和搅拌器的药罐内。流量计用于指示药剂的流量，搅拌器则要使药剂始终处于均匀悬浮状态。药剂的流量应与处理污水所需要量相一致。由于污水性质和处理难度不同，所用用量不同。与此要说明的是，本药剂的最佳絮凝沉淀介质条件，使PH值8左右，若处理的污水(根据PH值的高低调剂到8～10为宜)。
混合：是指污水与药剂的混合。要求混合时间不少于15分钟，最好是能用搅拌机促进混合，使药剂有足够的时间、充分的条件与污染物接触而进行吸附、离子交换剂其他物化作用，以求达到最大的吸附交换量。
缓冲：目的是降低充满矾花的污水流速，使其得以缓慢、平静地进入沉淀空间。
沉淀：沉淀的重要条件是水体要稳定。粗粒级沉淀时间约2～3分钟，微细粒级则须40～50分钟。可以考虑在沉淀的空间设计某种促沉澄清装置，以求获得更为良好的沉淀效果。
过滤：絮凝沉淀法处理污水，不论使用什么药剂，通常都有过滤这一环节，作为排放前的最后一关。目前一般用河砂或碎石作过滤层，它实际上不起多少作用。如果要确保清液回返使用，我们建议用三层过滤：河砂→P矿砂→Z矿砂，这样的过滤才能达到目的。
排放：经过滤的清水，可以达排放或回返使用。
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