硅藻土提纯方法的选用以杂质矿物的种类、性质、产品的纯度要求而定。具体提纯方法如下：
一、湿式重力沉降法：对于主要含石英、长石类碎屑矿物、黏土含量很少、硅藻含量较高的硅藻原土，可采用简单的旋风分离法，即在干燥或中温煅烧和选择性粉碎后采用旋风分离器或空气离心分选机进行选别。也可以采用湿式重力沉降或离心沉降的方法进行选别。工艺流程是：硅藻原土→擦洗制浆→重力沉降或离心沉降→过滤→干燥。如果原土中含有铁质矿物，可在重力或离心沉降后增设磁选除铁作业。
2、沉淀分离法：绝大多数的硅藻土矿床属于含黏土硅藻土和黏土质硅藻土，难点在于硅藻与黏土颗粒的解离和分选。目前在工业上应用的工艺是：擦洗制浆→稀释→沉淀分离→负压脱水→热风干燥→精细分级→硅藻精土。沉淀分离有两种工艺：一是重力沟槽沉降，二是离心沉降。
